Projekt protipovodňovej ochrany bol zameraný na riešenie medzier a nedostatočne chránené úseky Dunajského protipovodňového systému. Vysoké prietoky Dunaja počas povodní by totiž mohli spôsobiť zaplavenie takmer 400 kilometrov štvorcových zastavaného mestského územia a 2000 kilometrov štvorcových poľnohospodárskej pôdy, čo by priamo postihlo takmer pol milióna obyvateľov a ohrozilo kvalitu vodných zdrojov Žitného ostrova. Celkové náklady na dobudovanie protipovodňového systému sa vyšplhali na 31 miliónov eur, pričom 85 percent pochádzalo z eurofondov.
Projekt zahŕňal rekonštrukciu existujúcich a výstavbu nových protipovodňových konštrukcií ako hrádzí, protipovodňových múrikov a mobilných prvkov na oboch brehoch Dunaja, ľavom brehu Moravy a ľavostrannej ochrannej hrádzi odpadového kanála Vodného diela Gabčíkovo. Konštrukcie na Dunaji boli navrhnuté na tisícročný prietok s výnimkou konštrukcií v Karlovej Vsi a Devíne. Tie chránia pred storočnou záplavou. Ochranné línie na Morave sú zamerané na ochranu pred spätným vzdutím Dunaja.
Najstaršia zachovaná povodňová značka v Bratislave a vôbec na celom Slovensku sa nachádza na Vydrickej bráne v Bratislave, kde zachytáva kulminačnú hladinu vody počas povodne v roku 1516. Tá sa považuje aj za najväčšiu záplavu, ktorá hlavné mesto postihla. O výskyte veľkých vôd na území Slovenska v minulosti vypovedajú aj znaky kulminácie na zachovaných budovách a zmienky v archívnych dokumentoch. Za najstaršie sa považujú stopy po povodni na Dunaji v roku 1012. Na svojej internetovej stránke o tom informuje Slovenský vodohospodársky podnik.
Výšku hladiny záplavy v Bratislave ukazuje aj značka vo výške 182 centimetrov nad chodníkom na rohu ulíc Laurinská a Uršulínska. Pod povodeň z roku 1850 sa podpísali nahromadené kryhy, ktoré vzduli hladinu. „Povodeň spôsobila obrovské škody, pretrhala hrádze a skôr než ich stihli opraviť, ďalšia povodeň o tri roky neskôr spustošila Žitný ostrov,“ uvádza SVP.
Stavebné práce na projekte, ktorý má zabezpečiť, aby sa história neopakovala, sa začali v júni 2007.
