Keď v októbri 2013 vyšla najavo jeho spolupráca s ŠtB, chcel odstúpiť ale vtedajší minister Čaplovič ho ale vo funkcii podržal.
Javorek sa oficiálne funkcie vzdal až dnes o desiatej hodine. Minister školstva Juraj Draxler (nominat za Smer) prijal v priestoroch Štátnej školskej inšpekcie abdikáciu Javoreka a zároveň na jeho miesto vymenoval Vieru Kalmárovú.
Javorek odstúpenie zdôvodnil, že hlavným dôvodom je jeho dôchodkový vek a zdravotný stav.
Bol zvolený na päťročné funkčné obdobie, ktoré sa skončí v roku 2017.
Denník SME na to, že Jozef Javorek bol agentom ŠtB, upozornil ako prvý v októbri 2013. Javorek následne povedal, že nemá problém sa vzdať funkcie.
„Agenti by nemali byť vo verejných funkciách, svoju minulosť vnímam ako etický problém a zlyhanie,“ vyjadril sa vtedy.
Javorek prešiel po roku 1989 lustráciou, tá sa vyžadovala od všetkých riaditeľov aj zástupcov škôl. V tom čase ešte archívy ŠtB neboli zverejnené a lustráciami prešli viacerí bývalí udavači.
