Otec evolučnej teórie Charles Darwin k láske pristupoval pragmaticky. Keď došiel k záveru, že by bolo dobré sa oženiť, vedel, že by chcel mať po svojom boku niekoho, kto sa o neho bude dobre starať a koho už dlho pozná. Jeho voľba padla na sesternicu Emmu Wedgwoodovou.
Darwin si dokonca napred spísal všetky pre a proti manželstvu. Na pomerne dlhom zozname sa nakoniec zišlo viac položiek „pre manželstvo“, takže sa mladý prírodovedec rozhodol, že sa teda ožení. Láska v tom nehrala žiadnu rolu. Darwin mal 29 rokov, čo považoval za ideálny vek. Ako svoju družku si vyvolil sesternicu Emmu Wedgwoodovou. Fakt, že sú blízki príbuzní, ho vôbec neznepokojovalo. V 19. storočí boli sobáše medzi príbuznými ešte stále pomerne časté, najmä v aristokratických kruhoch. Veď aj britská kráľovná Viktória si vzala svojho bratranca. Navyše Wedgwoodovci boli bohatí, rovnako ako Darwinova rodina, takže z čisto ekonomického hľadiska na sobáši mohli všetci len zarobiť.
Jeden z príbuzných, taktiež vedec Francis Galton, však Darwina od jeho nápadu odrádzal. Upozorňoval ho na riziká, ktorý incestný vzťah prinášal najmä v prípade, že by mali deti. Veď kvôli podobným incestným zväzkom sa medzi európskou šľachtou šírila doslova epidémia hemofílie. Darwin ale bol rozhodnutý a Emma tiež rozhodne nebola proti. V roku 1839 tak obaja vstúpili do zväzku manželského.
A bolo to, nutné povedať, šťastné manželstvo. A to aj napriek tomu, že Darwin bol vedec známy svojimi nonkonformnými, často až poburujúcim teóriami, zatiaľ čo Emma bola silne veriaca. Dokonca Darwinovi niektorí radili, aby svojej nastávajúcej nič o svojich teóriách nehovoril. Lenže Darwin urobil pravý opak a do všetkých svojich myšlienok ju zasvätil. A Emma to ocenila, keď svojho muža označila za „najuprimnejšieho zo všetkých, koho kedy stretla, a každé jeho slovo vyjadruje len jeho skutočné myšlienky“. Darwin o Emme zase povedal, že mu ukázala, že existuje väčšie šťastie, ako je len budovanie teórií a hromadeniaé vedeckých poznatkov.
Napriek tomu pár neunikol prírodným zákonom, ktoré sám Darwin tak vyznával. Mali spolu 10 detí, z ktorých ale tri zomreli ešte v útlom veku. Ostatné boli veľmi často choré. U troch sa v neskoršom veku ukázalo, že sú neplodní. Prakticky každý Darwinov potomok trpel nejakou závažnou chorobou, čo ho viedlo k trudnému konštatovaniu: „Naša rodina je zničená a predurčená k vyhynutiu.“
Charles mal čoraz väčšie výčitky svedomia ohľadom voľby svojej manželky a tiež stále viac uvažoval nad tým, aké to vlastne všetko má dôsledky. Dokonca realizoval množstvo experimentov s krížením rastlín, aby zistil, aké genetické problémy incestní potomkovia môžu mať. Došiel k úplne jasnému názoru, že plodenie potomkov medzi blízkymi príbuznými nesie jednoznačne negatívne dôsledky. V roku 2010 bol analyzovaný strom potomkov Charlesa Darwina a jeho vtedajšie chmúrne závery sa rozhodne potvrdili.
Darwinovi prinášal najväčšiu radosť len jeho syn Leonard, ktorý sa v roku 1911 stal predsedom Britskej eugenickej spoločnosti, čoho sa však jeho otec nedožil. Aj on išiel ale v otcových šľapajach, keď si vzal svoju vlastnú sesternicu. Zo 62 potomkov a prapotomkov Charlesa Darwina a jeho ženy Emmy ich 38 nemalo žiadne deti, ktoré by sa dožili dospelosti. Úmrtnosť medzi nimi bola mimoriadne vysoká. Charles Darwin až do svojej smrti v roku 1882 dumal nad tým, čo všetko vlastne svojim incestným manželstvom spôsobil.
