Seriál Akty X bol známy tým, že jednotlivé epizódy mali vychádzať zo skutočných prípadov. Nie vždy tomu tak bolo, veľmi často išlo o čistú fikciu. Existuje ale niekoľko dielov, ktoré majú skutočne priamu spojitosť s reálnymi prípadmi.
Operácia Paperclip
Operácia Paperclip bol tajný program spravodajských služieb Spojených štátov, v rámci ktorého bolo po druhej svetovej vojne z bývalého nacistického Nemecka prevezených viac ako 1 600 nemeckých vedcov, inžinierov a technikov späť do Spojených štátov, kde boli zamestnaní. Mnohí z privezených nemeckých vedcov boli dokonca bývalí vedúci predstavitelia nacistickej strany.
Jedna z epizód tretej série seriálu Akty X je založená na skutočnej operáciu Paperclip. Epizóda s príhodným názvom „Paperclip“ sleduje agentov FBI Foxa Muldera a Danu Scullyovú (ktorí objavia vládne dokumenty nacistických vedcov pracujúcich v rámci operácie Paperclip, ktorí mohli byť zodpovední za vytvorenie rasy hybridov ľudí a mimozemšťanov).
Jednotka 731
Dve epizódy tretej série seriálu Akty X boli založené na zverstvách spáchaných v japonskou cisárskou armádou počas druhej svetovej vojny. Po japonskej invázii do Číny zriadila japonská vláda tajnú jednotku pre výskum a vývoj biologických a chemických zbraní. Cisárska armáda, známa ako jednotka 731, vykonávala desivé pokusy na ľuďoch najmä čínskych vojnových zajatcoch. Na týchto experimentoch sú založené epizódy Aktov X „Nise“ a „731“. Experimenty na ľuďoch sa objavujú v oboch epizódach.
Phineas Gage
V roku 1848 utrpel americký predák na stavbe železnice Phineas P. Gage strašnú nehodu, pri ktorej mu železničný hrot prebodol lebku. Je pozoruhodné, že Gage túto nehodu prežil, ale jeho osobnosť sa v dôsledku poranenia mozgu úplne zmenila. Jeho rodina o ňom hovorila, že už jednoducho nie je sám sebou. Na prípade Phineasa Gage je založená epizóda Aktov X „Duane Barry“. Fox Mulder a Dana Scullyová vedú rozhovor s psychiatrickým pacientom menom Duane Barry, ktorý tvrdí, že bol unesený mimozemšťanmi. Neskôr v epizóde však Scullyová zistí, že čelný lalok Duan Barryho bol pred desiatkami rokov poškodený strelným zranením, čo pomohlo vysvetliť Barryho presvedčenie. Hoci Scullyová v epizóde cituje prípad Phineasa P. Gage, opisuje Gage ako násilníka a nemorálneho človeka. To však nie je pravda, pretože Phineas Gage bol po svojej nehode schopný pokračovať a žiť produktívny život až do svojej smrti.
Rodina Wardových
Jedna z najznepokojúcejších epizód seriálu Akty X sa volala „Domov“ a bola odvysielaná počas štvrtej série seriálu. „Domov“ je v skutočnosti jedinou epizódou Aktov X, ktorá má rating TV-MA, a prvou epizódou seriálu, ktorá obdržala varovanie pred diváckou diskrétnosťou kvôli svojmu znepokojujúcemu obsahu. Mulder a Scullyová cestujú do odľahlého mestečka Home v Pensylvánii, aby vyšetrili smrť dieťaťa, ktoré sa narodilo s vážnymi telesnými chybami. Epizóda sa zameriava na rodinu Peacockových a zaoberá sa otázkami incestu a zneužívania v rodine.
Predpokladá sa, že epizóda je založená na skutočnom prípade rodiny Wardových, ktorá si získala pozornosť celých Spojených štátov, keď bol jeden z bratov (Delbert Ward) obvinený z vraždy svojho brata (William Ward). Rodina Wardových žila vo vidieckej poľnohospodárskej komunite blízko mesta Utica v štáte New York. Bratia Wardovi mali nápadne nízke IQ, boli negramotní a žili ako pustovníci. Počas súdneho procesu o vražde obyvatelia mesta tvrdili, že Wardovi sú nevinní. Nakoniec bolo obvinenie proti Delbert Wardovi stiahnuté, keď sa zistilo, že bratia boli donútení podpísať vyhlásenie o vine, ktorému by kvôli svojej negramotnosti neboli schopní porozumieť. Príbehu bratov Wardových sa venuje dokumentárny film Brother’s Keeper z roku 1992.
Prípad Polly Klaasové
V októbri 1993 bola trinásťročná Polly Klaasová unesená z nočnej párty v dome svojej matky v kalifornskej Petalume. Neskôr bolo nájdené jej telo, príčinou smrti bolo uškrtenie. Jej vrah bol nakoniec odsúdený na trest smrti.
Epizóda tretej série „Oubliette“ má podobnosť s prípadom Polly Klaasové. V tejto epizóde je uprostred noci unesená zo svojej izby pätnásťročná Amy Jacobsová. Pôvodne bola Amy Jacobs napísaná ako dvanásťročná, ale scenáristi sa obávali paralel medzi prípadom Klaasová a jej vek bol zmenený. Na rozdiel od Polly Klaasové Amy Jacobsová svoj únos v epizóde prežila.
